La mayoría de veces el gobierno a actuado más en contra que a favor de la protección de la Biosfera ya que a través de los años su intervención ha provocado que esta reserva natural en vez de preservarse se destruya ya que, en la década de los 90 la degradación de la Biosfera del Río Plátano empezó hacerse más visible cuando altos funcionarios gubernamentales, diputados y se rumora que el ex presidente Rafael Leonardo Callejas empezaron a titular ilegalmente grandes extensiones aprovechándose del poder; éste fue el principio de la destrucción que se vislumbra de un patrimonio mundial, y que nos hace quedar como un pueblo que sigue por el camino equivocado que ayer siguieron los europeos que "nos civilizaron" con saña y fuego.
El expresidente de la república Carlos Roberto Reina, con su demagogia acostumbrada, declaró los valles de Sico y Paulaya, que forman parte de la zona de amortiguamiento de la biosfera, en área para la reforma agraria, sin saber que tal disposición volvería más vulnerable a esta reserva, cuyo núcleo es, sin lugar a dudas, uno de los pocos espacios con biodiversidad inmaculada y el segundo pulmón del planeta.
Las emigraciones hacia la reserva principalmente de indígenas de la zona de Choluteca que estaban pasando por la crisis de lsequía y falta de fertilidad de los terrenos, muchas veces inducidas y facilitadas con disimulo estudiado, por otro demagogo que dirigió el INA en el gobierno de Carlos Roberto Flores son incontrolables y la tala ya toca las fronteras vitales de la biosfera Río Plátano de donde se saca maderas preciosas utilizando barcazas y camions, muchas veces en nombre de ciertas organizaciones ambientalistas donde se esconden criminales ambientales sin escrúpulos, y vergonzosamente amparados legalmente por el alcalde de Iriona y de otras autoridades.
Defender la biosfera es responsabilidad de todos, sin embargo, es al Ministerio de Recursos Naturales y del Ambiente a quien le corresponde definir las políticas encaminadas a proteger y preservar los recursos naturales.

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Qué está haciendo el gobierno actualmente
Actualmente el gobierno esta desarrollando un proyecto denominado Biosfera del Río Plátano a través de AFE-COHDEFOR, con el que se pretende preservar y proteger la biosfera, además el ministerio de turismo promueve las expediciones para la biósfera, obteniendo con esto ingresos al país.
Hay algunas organizaciones turísticas que promueven las expediciones con planes ya elaborado para el paseo brindando alimentación, alojamiento y guías, éstas lo hacen con fines económicos y se ubican en los lugares cercanos a la biosfera.
Las organizaciones étnicas se están preocupando más por la titulación de tierras y ejercen medidas de presión contra el gobierno para que agilice los trámites.